Urodził się w Negotino (wschodnia Serbia) w rodzinie, której korzenie wywodzą się z Macedonii. Podczas nauki w Gimnazjum Matematycznym został członkiem Serbskiego Towarzystwa Śpiewaczego. Z jego pomocą rozpoczął studia muzyczne w Monachium, oraz kontynuował w konserwatorium w Lipsku. Po powrocie do Serbii został dyrygentem Towarzystwa Śpiewaczego "Kornelije Stanković", a nastepnie Belgradzkiego Towarzystwa Śpiewaczego. Uczył również śpiewu cerkiewnego w belgradzkim seminarium. Razem ze Stanislavem Biniczkim współtworzył pierwszą w Belgradzie szkołę muzyczną. W 1906 został członkiem Królewskiej Akademii Nauk. Dzieła Mokranjca stanowią kanon serbskiej literatury muzycznej. Rukoweti - zbiór 15 pieśni na chór i solistów opartych na motywach ludowych z całych bałkanów - wzięły swoją nazwę od czynności ścinania sierpem zbórz. Trudno sobie wyobrazić dziś serbskiej liturgii bez dzieła Stevana Stojanovicia Mokranjca. Jego Pieśń Cherubinów jest uważane za największe osiągnięcie serbskiego narodu w muzyce wokalnej. Do innych wielkich dzieł należą Panichida fis-moll z poruszającym "amin", Trzy Statije wielkiej soboty, koncert "Tebe Boga Hvalim" oraz "Veliczanije Svetom Savi". Działalność etnograficzna zaowocowała zaś powstaniem zbiorów "Osmoglasnik" (Obichod) i "Strano Pjenije". Kompozytor zmarł 28 września 1914 w Skopje.
